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ストーリー

ある日、チェチェンの紛争がコーカサス連邦に飛び火、ロシア大統領は反乱軍に対する爆撃を命じるが、人命無視の命令に、米、英、仏の大統領は、強い反発を示し、ロシアへの経済援助を中止。極右派のリーダー、ラドチェンコは、米国の圧力に抗議、ロシアに対する戦争行為と判断、ロシア国民に反乱を呼びかける。偽善的な米国の軍事介入に断固たる処置を取ると言明。ロシア国会は休会、全国に戒厳令、内戦状態になった。ラドチェンコ率いる反乱軍は、ウラジオストック地域を占領、海軍基地と、ICBM装備の核ミサイル基地を占拠した。政府軍はこれを奪回するために反乱軍を包囲。ラドチェンコは、もし政府軍が反乱軍に対し攻撃を開始したら、米国と日本に核攻撃を行うと警告を発した。しかし政府軍は、反乱軍は核ミサイルの発射暗証コード知らないとみていた。 だが事態を重く見た西側各国は厳重警戒態勢、米国も、米軍全軍に非常事態宣言が発令された。

この状況下のなか、アラバマにも出撃命令が下った。目標はロシア海軍基地近海である。艦長は、実戦を知っている数少ない生き残りラムジー大佐。副長は、盲腸炎で入院してしまったために、代理にハンター少佐が任命された。順調な航海の途中、突如アラバマ艦内で、火災が発生したが無事に鎮火。その直後、核ミサイルシステム訓練が発令される。なぜこんな時に？とハンターは抗議するが、ラムジーからこれが私のやり方なのだ、と言われてしまう。

しばらくして突然、本国の本部からの、EAM（緊急行動命令）を受信する。内容は、「発射暗証コードが解読された」という内容であった。艦内に緊張が走るが、そのさなか、敵艦が出現、戦闘準備が発令された。幸いにも敵はこちらに気付いていないようだがそのうち見失ってしまう。再び、EAMを受信、「反乱軍、ミサイル燃料装填開始、トライデントミサイル１０基発射せよ」という内容であった。だが敵艦に見つからないよう深度をだんだん深くしていたので、電波が届かなくなってしまう。このままでは更に送られてくるであろうEAMをも受信不可能となってしまうのでハンターの提案で、ラジオブイを海上へと上げる。

が、突然ウインチが突然大きな音を出し始めた。急停止させるが、そのせいで敵艦に見つかってしまう。相手は、アクラ級攻撃型潜水艦であった。この時、またもEAMを受信し始める。そのさなか敵艦はアラバマに対して魚雷を発射。アラバマは辛くも回避に成功する。が、再び敵艦を見失ってしまう。この攻撃のせいで、ラジオブイと受信機が故障してしまい、EAMは「ミサイル発射は．．．．．」と肝心の、内容を示す文章が途中で途切れてしまっていた。ラムジーは、意味をなさない電文と判断、攻撃準備を続行させる。しかし、ハンターは、発射を中止せよ、という内容かもしれないと抗議する。対立する二人の最高指揮官。だがついに、ラムジーは激怒。反対するハンターをよそにラムジーは独断でミサイルを発射しようとする。

しかし、ミサイルの発射は、艦長と副長の同意が必要。艦長に逆らったということでハンターを解任しろとまで言い出した。部下が上官を解任する事が出来るが、上官が部下を解任することは出来ない。逆にハンターはラムジーを核兵器使用規定違反ということで解任、ラムジーは自室で監禁されることになった。新艦長には、そのままハンターが就いた。

ハンターは、ラムジーの解任と途中のEAMの内容を確認する
までミサイル発射を見合わせると全艦にアナウンスしたが、再び敵艦が現れた。しかも至近距離。敵艦は魚雷を発射する。すれすれで魚雷は艦の横を通過した。距離が近すぎたのだ。逃げ出す敵に対して、アラバマは魚雷で反撃。見事に命中、撃沈した。歓声に沸き返る艦内。それもつかの間、一本の魚雷が接近してきた。敵は撃沈される寸前に、もう一発魚雷を発射していたのだった。もはや回避は不可能。魚雷はアラバマに命中した。続々と入る被害報告。エンジンも停止し、艦はゆっくりと沈みはじめた。艦底の浸水が激しく、中で賢明に浸水をくい止めていた3人が溺死した。艦は、圧壊深度ぎりぎりでエンジン回復、まさに危機一髪であった。

これを境に、今度は、ウェップス、ジマー、ドガーティが、ラムジーを従え、反乱行動を起こす。再び、ラムジーとハンターは対立するが、ラムジーらは、武器を持っていたので、ハンターや彼に従うものは手を引くしかなく、逆に監禁されてしまう。ラムジーは、中断したミサイル発射準備に取りかかせる。そのころ監禁されたハンターのもとへ、監視の目をかいくぐってソナー先任のリベッティが救出に来る。ハンターらは作業服を着て身を隠しながら行動を開始する。途中、ハンターはミサイル管制指揮官のウェップスに電話でミサイルを発射するな、君の判断で決めろと説得する。なぜならミサイルは司令室にキーを入れ、艦長が発射命令を出しても、ミサイル管制室にあるボタンを押さないと発射することが出来ないのだ。

発射準備が完了と同時に、ラムジーは発射命令を出すが、ハンターの言葉で気の変わったウェップスは発射しようとしなかった。ラムジーらは、急遽、ミサイル管制室へ急行する。ラムジーは、ウェップスに銃を突きつけて、ミサイル発射ボタンのナンバーを教えろと迫る。しかしナンバーは彼しか知らないので、今度はウェップスの部下に銃を向け、自白を迫った。見かねたウェップスは、ミサイルの発射ボタンを取り出してしまった。ラムジーは、すぐさま発射ボタンを押す。だが発射されない。誰かが司令室にあるキーを抜いたのだ。ラムジーはすぐさま司令室にもどると、そこにはキーを持ったハンターがいた。ラムジーはキーを渡せと迫るがハンターは拒否する。

その時、通信室から、受信機が直りそうだという報告がきた。そこでラムジーは、３分猶予を与える事にした。ロシアのミサイル発射まで、あと４分．．．そして途切れたEAMの内容は......
全世界の運命が、この一瞬にかかっている